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La Taxonomía (del griego ταξις, taxis, ‘ordenamiento’, y νομος, nomos, ‘norma’ o ‘regla’) es, en su sentido más general, la ciencia de la clasificación. Habitualmente se emplea el término para designar a la Taxonomía Biológica, la "teoría y práctica de clasificar organismos" Como se la entiende en la actualidad, la clasificación biológica tiene que ser congruente con el árbol filogenético siempre que se disponga de éste, en ella, los organismos son agrupados en taxones mutuamente excluyentes a su vez agrupados en taxones de rango más alto también mutuamente excluyentes, de forma que cada organismo pertenece a uno y sólo un taxón en cada rango o "categoría taxonómica". En cada taxón, los organismos poseen caracteres (singular carácter) cuyos estados del carácter los diferencian de los organismos fuera del taxón, y son los que en conjunto se utilizan para delimitar los taxones. La mayoría de los especialistas ve a las especies, a las que ubican en taxones en la categoría taxonómica del mismo nombre, como una realidad objetiva, y a los diferentes conceptos de especie como diferentes aproximaciones para reconocer los linajes que evolucionan independientemente, por lo que a pesar de las discrepancias entre autores en su concepto taxonómico y por lo tanto en general en los límites taxonómicos de cada una, suele ser considerada la categoría taxonómica más importante en la clasificación. Los taxones supraespecíficos son los que agrupan especies y se jerarquizan en categorías taxonómicas de rango cada vez más alto: género (grupo de especies), familia, etc. hasta el reino. En esta área también está debatido el concepto de taxón a utilizar. Muchos especialistas afirman que sólo la "filosofía taxonómica" para agrupar los organismos en taxones de la escuela cladista logra que la clasificación ofrezca el servicio que se espera de ella al resto de las ramas de la biología, pero la escuela evolucionista tiene razones para delimitar con otros conceptos los taxones, y las dos se atribuyen la creación de sistemas de clasificación que cumplen en mayor medida sus funciones de sistemas de almacenamiento y recuperación de datos, y de predictores del estado de los caracteres y las direcciones de la evolución que no se han medido.

La Taxonomía también se ocupa de debatir y actualizar los Códigos de Nomenclatura, que definen el sistema taxonómico a utilizar -el recién descripto es el "sistema linneano"-, reglamentan la formación y uso de los nombres de los taxones y cuidan que todos ellos se atengan a los principios de nomenclatura, con el objetivo de proveer la máxima estabilidad en la nomenclatura. Los Códigos no evitan las "diferencias filosóficas" entre taxónomos en los conceptos taxonómicos a utilizar ni en la categoría especie ni en las categorías supraespecíficas que son una fuente de inestabilidad frecuente en los nombres de los taxones.

La Taxonomía Biológica es aquí tratada como una subdisciplina de la Biología Sistemática, que además tiene como objetivo la reconstrucción de la filogenia, o historia evolutiva, de la vida  Como aquí comprendida la Taxonomía abarca la decisión de qué sistema taxonómico utilizar, la de qué conceptos taxonómicos asociar a esos taxones, la delimitación de esos taxones dejando explícitos los métodos que fueron utilizados para alcanzarla, su Nomenclatura formal, y también las herramientas para la Determinación o identificación de especímenes. Teniendo en cuenta que sólo el 10% de las especies del planeta está descripto, que esas descripciones son hipótesis con diferentes grados de resolución, y que las especies evolucionan (cambian con el tiempo en términos de sus caracteres) y cambia su distribución, la determinación funciona recursivamente con la descripción y delimitación de especies en el área llamada alfa-Taxonomía o Taxonomía Descriptiva, o, deslindándola de la definición minimalista de Taxonomía que se maneja desde hace décadas y debido a que se intergradan en esa categoría taxonómica, el área de la Sistemática Descriptiva o Ciencia de la Biodiversidad , la que se ocupa del descubrimiento, la identificación, la descripción, la clasificación y la catalogación de la biodiversidad del planeta, utilizando el organismo como unidad de trabajo y cuya prioridad es la descripción23de todas las especies dentro de un contexto evolutivo.

La historia de la Taxonomía ha sido largamente recorrida por éstos y otros interrogantes y a lo largo de ella fueron formándose el sistema de clasificación y las reglas que nos han quedado como legado.

La nueva crisis de biodiversidad, los avances en el análisis del ADN, y la posibilidad de intercambiar información a través de internet han revitalizado a esta ciencia en el ambiente científico desde las décadas de 1990-2000, y han generado un debate acerca de la necesidad de hacer reformas sustanciales a los Códigos, algunas de las cuales aún se están debatiendo y otras ya se han incorporado. Algunas de estas propuestas son el BioCode, el PhyloCode, el agregado de atributos al tipo nomenclatural como podrían ser los nuevos "marcadores de ADN" (ADN barcodes), y las relacionadas con la informatización de los datos y la utilización formal de Internet.